Vagina er et rør på 8 – 10 cm, som leder fra de ytre genitalier inn til livmorhalsen (uterus cervix, fig. 7). I tillegg til å være det stedet hvor penis ankommer for avlevering av spermier, er vagina også fødselskanalen. Vagina er altså en relativt tøyelig og myk kanal.
Epitelcellene i vagina frigjør store mengder glykogen som metaboliseres anaerobt av bakterier. Når sukker blir metabolisert på denne måten, skjer det med produksjon av melkesyre som biprodukt. Dermed er miljøet i vagina hos voksne relativt surt (lav pH) og det bidrar til å holde vagina fri for infeksjon. Det betyr samtidig at det er et uegnet sted for spermier – og av denne grunn er ejakulatet basisk. Hos ungdommer er vagina derimot mer basisk, noe som gjør seksuelt aktive ungdommer mer disponible for seksuelt overførbare sykdommer.
Fig.7 Livmor og ovarie