Menstruasjonssyklusen følger ovariesyklusen over 28 døgn slik som beskrevet i figur 10, og deles også inn i tre faser. Det er:
- blødningsfasen
- proliferasjonsfasen
- sekresjonsfasen
Blødningsfasen finner sted i syklusens dag 1-5. Dette er selve menstruasjonsblødningen da endometriets ytterste lag (stratum functionalis, fig. 8), som følge av manglende befrukting av egget, frastøtes og skilles ut av uterus.
Proliferasjonsfasen (cellevekstfasen) finner sted under dag 6-14, og er altså før eggløsning (dag 14). I denne fasen bygges endometriet opp og klargjøres for mottagelse av et befruktet egg.
Sekresjonsfasen finner sted under menstruasjonssyklusens dag 15-28. I denne fasen klargjøres endometriet for mottak av egg. Blir det ingen befruktning av egget vil corpus luteum degenereres og dø. Dermed synker sekresjonen av progesteron, hormonet som holder liv i endometriet, og det oppstår spasmer i blodårene i endometriet som dermed ryker og endometriet løsner med blødning. Befruktes egget derimot, oppstår en helt annen situasjon.
Fig.10 Ovarienes syklus

Fig.8 Endometrium